Mạc Phúc Tư là con thứ của Thái Tông Mạc Đăng Doanh, cháu nội của Thái tổ Mạc Đăng Dung, sinh năm Giáp Thân (1524). Ông quê gốc ở làng Cổ Trai, huyện Nghi Dương, phủ Kinh Môn, trấn Hải Dương xưa (nay thuộc xã Ngũ Đoan, huyện Kiến Thụy, thành phố Hải Phòng), là đất phát tích của nhà Mạc. Còn đất khởi tổ của dòng họ Mạc ở xã Cao Đôi, huyện Bình Hà, tỉnh Hải Dương xưa, nay là thôn Long Động, xã Nam Tân, huyện Nam Sách, tỉnh Hải Dương.